1.发票的印制要求不同：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区 、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制 。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票.
2.发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用 ，小规模纳税人需要使用的 ，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3.发票的内容不同 ：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款 、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额 、适用税率、应纳增值税额等内容。
4.发票的作用不同：增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证 ，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票除运费 、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
另外 ，现在增值税发票都是机器开票 ，而且都是三联次 。分别为抵扣联、发票联、记账联 。
增值税专用发票与增值税普通发票（俗称 ：普通发票）的区别在于：取得发票的纳税人是否可以依法抵扣购货进项税额。对于增值税专用发票 ，购货方可以凭抵扣联，依法申报认证抵扣进项税额，而普通发票，购货方不能抵扣进项税额 。
在发票内容的构成要素上，增值税专用发票将票面金额一分为二 ，勾稽关系为“金额 + 税额 = 价税合计”，其中 ：“金额 * 税率 = 税额” 。由于普通发票不具有抵扣进项税额的功能，因此 ，无需将价税分列开具，只需将价税合计合并开具为“金额” 。另外，在其他方面也有不同之处，如 ：增值税专用发票需列明购销双方的税务登记号，等。这些不同之处均是增值税专用发票具有抵扣功能所致。
举例说明，某纳税人销售货物一批，共取得价款117 000元，增值税税率17% ，则 ：
1.开具增值税专用发票时 ，金额为100 000元，税率为17%，税额为17 000元，价税合计为117 000元；
2.开具普通发票时，金额为117 000元。
不论销售方开具何种发票，均应当交纳增值税销项税额17 000元。另外 ，销售方必须根据税法规定开具增值税专用发票，对某些特殊业务，依法不得开具增值税专用发票，而只能开具普通发票 。
对于购货方而言 ：
1.如果取得普通发票，那么117 000元应当全额计入相关资产成本，不得抵扣进项税额 ；
2.如果取得增值税专用发票 ，那么100 000元应当计入相关资产成本，17 000元进项税额准予申报认证抵扣（税法规定不得抵扣的项目除外）。
